يكون للهيئة رئيس يصدر بتعيينه مرسوم أميري، يعاونه عدد كافٍ من الموظفين والخبراء وفقاً لهيكلها التنظيمي، ويكون له السلطات والصلاحيات اللازمة لإدارة شؤون الهيئة واتخاذ القرارات اللازمة لتحقيق أهدافها وله بوجه خاص ما يلي:
1- اقتراح السياسة العامة والاستراتيجية اللازمة لتحقيق أهداف الهيئة وعرضها على المجلس لاعتمادها أو اتخاذ اللازم بشأنها.
2- الإشراف على سير العمل في الهيئة وإصدار القرارات الإدارية والتعليمات والتعاميم اللازمة ومتابعة تنفيذها وفق التشريعات والأنظمة السارية.
3- إعداد الموازنة السنوية والحساب الختامي للهيئة وعرضهما على المجلس لاتخاذ اللازم بشأنهما.
4- اقتراح التشريعات والأنظمة المتعلقة بعمل الهيئة ورفعها إلى المجلس لاتخاذ اللازم بشأنها.
5- تمثيل الهيئة أمام القضاء وفي علاقاتها مع الآخرين.
6- تمثيل الهيئة في إبرام العقود والاتفاقيات ومذكرات التفاهم والشراكات بعد اعتمادها من المجلس.
7- تشكيل اللجان الدائمة والمؤقتة وفرق العمل التابعة للهيئة وتحديد اختصاصاتها ونظام عملها.
8- رفع التقارير اللازمة عن أعمال الهيئة إلى الحاكم أو المجلس.
9- تفويض غيره من موظفي الهيئة ببعض سلطاته أو اختصاصاته وفقاً للتشريعات السارية في الإمارة.
10- أية مهام أو اختصاصات أخرى يكلف بها من الحاكم أو المجلس.